Sika,
Dans la feuille de style de neomenu, la déclaration des menus principaux est faite de cette facon
.neomenu #menulist li a {}
Si vous ne conservez pas la meme structure, telle que vous l'avez écrit, elle ne sera pas prise en compte en priorité étant donné que sur la balise a l'attibut background:none est défini.
En écrivant…
.neomenu li a#active_menu {
background-color: #cc3333;
color: #FFF;
}
cela va fonctionner.
Sinon dans le pire des cas ajouter le parametre
!important à la fin de la déclaration du background pour forcer la prise en compte.
background-color: #cc3333 !important; 